La région de Toubacouta, située dans une zone estuarienne, jouit d’un climat soudano-sahélien, caractérisé par deux saisons : une saison sèche de novembre à juin et une saison des pluies qui s’étend de juillet à octobre.

Dédale de bolongs (bras de mer), chapelets d’îlots, forêts sauvages, la région est d’une richesse écologique remarquable, ce qui lui a valu le classement en tant que Parc National du Delta du Saloum en 1976. Avoisinant les 76 000 hectares, il abrite des espèces végétales et animales propres à trois types d’écosystèmes : terrestre, marin et amphibie.

Les mangroves, qui composent ce dernier biotope, sont caractéristiques des embouchures de fleuves ou des zones littorales tropicales soumises au balancement des marées.  Les différentes espèces de palétuviers qui s’y développent disposent de mécanismes physiologiques adaptés à ces conditions particulières : taux de salinité, degré d’immersion, etc. Les mangroves occupent un rôle écologique majeur : elles hébergent non seulement de nombreuses espèces animales mais constituent également une véritable protection contre l’érosion côtière.

La communauté rurale de Toubacouta compte deux des neufs forêts classées du Delta du Saloum : Keur Sambel classée dans les années 1950 compte 200 hectares et Sangako, plus ancienne (1936) couvre une superficie de 2 140 hectares.  En classant ces territoires, les autorités ont cherché à protéger les ressources naturelles qui s’y trouvaient à savoir la faune (phacochères, singes, guibs harnachés, etc.) en préservant son habitat, mais aussi et surtout les espèces végétales (dimbé, venn, caicédrat, fromager, baobab, etc.). Ces forêts, qui sont sous contrôle de la Direction des Eaux et Forêts, sont soumises à des règles d’exploitation précises : des droits d’usage (récolte des fruits, cueillette du bois mort) sont accordés aux populations riveraines mais toute exploitation à visée commerciale y est interdite.

En 1981, le classement par l’UNESCO de la zone en Réserve de Biosphère du Delta du Saloum (qui supère largement le Parc National en termes de superficie, avec ses 180 000 hectares) a eu pour ambition de travailler sur l’intégration du Parc dans son milieu. En assouplissant les relations entre celui-ci et les populations locales, par l’octroi de certains droits d’usage, ce nouveau statut cherche à préserver la zone naturelle tout en limitant les préjudices subis par les populations. Un programme actuellement en cours vise à redéfinir avec précision le contour de cette Réserve, avant d’élaborer un plan de gestion pour les années à venir.
En 1984 enfin, la convention internationale RAMSAR classe le site Zone Humide d’Importance Internationale, principalement pour protéger la sterne royale, une espèce d’oiseau dont le quart de la population mondiale se concentre dans la zone.

Compte tenu de ces caractéristiques naturelles, les espèces halieutiques occupent un rôle de première importance, tant écologiquement qu’économiquement pour cette zone marquée par une forte activité de pêche et de cueillette. Dans un contexte de raréfaction des espèces, l’ONG sénégalaise Oceanium, financée par le Fonds Français pour l’Environnement Mondial a créé, en 2002 la première Aire Marine Protégée (AMP) du Sénégal, Bamboung, en collaboration avec les villages environnants. La fermeture complète du bolong de Bamboung à la pêche et à la cueillette vise à favoriser la reproduction des espèces halieutiques de la zone (tant poissons que mollusques). Les résultats encourageants ont fait de cette AMP une référence en la matière, non seulement au Sénégal, mais dans toute la sous-région.

Aujourd’hui, le milieu naturel, et plus spécifiquement la mangrove, fait face à diverses difficultés. L’avancée de l’eau de mer dans les terres, les eaux de ruissellement qui charrient le sable dans les bolongs ainsi que la diminution des nappes phréatiques ont provoqué une augmentation de la salinité de l’eau, fortement dommageable pour les palétuviers, et indirectement pour les espèces qui s’y développent.  La baisse de la pluviométrie, constatée depuis quelques années, est un autre des principaux facteurs d’altération de la zone, au niveau de la faune comme de la flore. A ces facteurs de dégradation naturels s’ajoutent des facteurs anthropiques, tant sur la partie de mangrove que sur la partie continentale. Les déchets jetés en mer, parfois à plusieurs dizaines ou centaines de kilomètres, viennent s’échouer sur les littoraux et aux abords des îles, contribuant fortement à la pollution de l’eau. Feux de brousse, braconnage, coupe de bois illégale sont des pressions qui mettent également en danger les parties terrestres.

Ainsi, des programmes de fixation des sols (par le biais de plantations d’arbres le long des côtes), de reboisement, ainsi qu’une gestion des déchets efficace et un renforcement de la surveillance des zones protégées sont quelques-unes des mesures nécessaires à la préservation de cet écosystème.